Milagainiai este un sat din municipalitatea districtuală Jonava, din județul Kaunas, Lituania. Milagainiai se află la 103 m altitudine. Populația este de 94 de locuitori (2021). Cel mai apropiat oraș mare este Jonava, la 13,8 km la sud-vest. Printre obiectivele din împrejurimi: Siesikai Castle (14,4 km), Jonava railway bridge (13,2 km) și Beit Medrash Hagadol Synagogue (14,4 km). Printre locurile naturale: Vainiai poplar (8,5 km).

Se scrie și Milagainiai.