Varpėnai este un sat din municipalitatea districtuală Jonava, din județul Kaunas, Lituania. Varpėnai se află la 91 m altitudine. Populația este de 9 de locuitori. Cel mai apropiat oraș mare este Jonava, la 5,0 km la sud-est. Printre obiectivele din împrejurimi: Ninth Fort (31 km), Muzeul Național de Artă M. K. Čiurlionis (33 km) și Open-Air Museum of Lithuania (28 km). Printre locurile naturale: Vainiai poplar (2,2 km).